东北抗日联军成立之后，强有力地打击了日本侵略者，动摇了侵略者的大后方，日本侵略者不得不调集大批部队一次又一次进行疯狂地“讨伐”，实施“三年治安肃正计划”；加之抗日联军与上级党组织失去了联系，地方党组织遭到毁灭性破坏，山上密营损失殆尽，粮食、药品、盐等给养完全断绝，许多优秀的指战员壮烈牺牲，部队损失惨重。从1939年到1940年，东北抗日联军的游击战争转入极端艰苦的斗争阶段。但是东北抗日联军的意志没有被打垮，抗联部队缩编，开展小型游击战争，保存了一部分精华和骨干力量，进入苏联境内整训。在苏联整训期间不断派小部队深入国内抗联游击区进行游击战，直到1945年8月，他们配合苏军重新进入东北，在解放东北的斗争中起到了重要作用。

    中共中央对东北抗日联军的艰苦斗争给予了很高的评价，1938年11月，中国共产党扩大的六届六中全会给东北同胞的电文中称赞东北抗日军队是：“在冰天雪地与敌周旋7年多的不怕困苦艰难奋斗之模范。”

    1948年1月1日，中共中央东北局曾专门做出决定，表彰东北抗日联军的历史功绩，称赞东北抗日联军的英勇斗争“是中国共产党光荣历史不可分割的一部分”。1949年5月，中共中央给东北局的电文中再次指出抗联斗争是光荣的，称“此种光荣斗争历史应受到党的承认和尊重。”

    东北抗日联军是中国共产党领导的抗日队伍，1936年以后，因中央红军长征，失去了与党中央的联系，更没有得到国民党政府的支持，孤悬敌后。南满几次西征都没有打到关内；1937年12月，北满派赵尚志等三位抗联高级将领进入苏联后，又被苏联关进了监狱达一年半之久，抗联的精锐骑兵部队被苏联解除了武装送往中国的新疆从此再无音讯，使东北抗联受到巨大的损失。东北的党组织始终按着罗登贤领导的满洲省委制定的路线开展抗日斗争。当时驻共产国际的中共代表王明，曾写信给东北抗联，指出一条错误的右倾路线，造成了东北抗联党内的意见分岐。当需要解决这些问题时，尽管赵尚志、冯仲云、周保中等通过苏方查找、转交信件；通过报纸登报联系，也无法再找到共产国际的中共代表。直到日苏在“诺门罕战役”时，苏联才开始支持抗联，利用其牵制日军，收集情报。但仍没有与党中央取得上联系，仅得到了毛泽东的两篇文章：《抗日游击战争的战略问题》和《论持久战》，这两篇文章成为抗联在抗日斗争中的指导方针。

    当苏联有意将抗联并入苏军时，周保中、李兆麟、冯仲云等抗联党的领导，始终不弃中国共产党对部队的领导，牢牢地掌握着这支部队。当跟随苏军打回东北消灭日本关东军之后，迅速与关内的党中央联系，使抗联部队回到了党中央的怀抱。

    东北抗日联军中有不少朝鲜人。战后，在苏联帮助下，他们组建了朝鲜劳动党。朝鲜民主主义人民共和国的第一代领导人（金日成、崔庸健）多为东北抗日联军中层军官。